2009年5月5日，水利部以《关于全国水土保持监测网络和信息系统建设二期工程初步设计报告的批复》（水总［2009］240号）批复二期工程初步设计。根据批复意见和初步设计，项目法人水利部水土保持监测中心及时制定了《全国水土保持监测网络和信息系统建设二期工程检查验收办法》等管理办法。为保证项目顺利实施，2009年6月水利部水土保持监测中心及时向各省下发了“关于落实全国水土保持监测网络和信息系统建设二期工程地方配套资金的通知”。  

　　2009年7月24日，全国水土保持信息化暨监测网络二期工程启动工作会议在京召开。水利部副部长刘宁出席会议并讲话。全国水土保持监测网络和信息系统建设二期工程正式启动。2009年7月25日，我中心召开全国水土保持监测网络和信息系统二期工程建设管理研讨会，集中研讨和学习《全国水土保持监测网络和信息系统建设二期工程检查验收办法》等管理办法，交流29个省（自治区、直辖市）水土保持监测总站地方配套资金落实情况，并部署二期工程水土流失监测点建设监理工作。
 
　　依据相关规定，结合工程建设特点和目标，二期工程分为设备采购与系统集成监理、水土流失监测点建设监理、设备采购与系统集成、软件开发与数据库建设、交通设备采购等5个标段，全部采用公开招标的方式确定承包人。截至2009年11月4日，五个标段的招标工作均已圆满结束，并全面进入工程实施阶段。

　　二期工程在全国建设738个水土流失监测点。其中新建265个、改建218个，利用水文255个。为了保证监测点建设任务的顺利完成，我中心对二期工程在全国建设738个水土流失监测点的建设任务按照批复的初步设计报告进行了分解，并于2009年9月8日以任务书的形式下达各省级监测总站。