机关内设机构：
办公室
规划计划处
政策法规处（水政监察总队）
财务处（审计处）

人事处（离退休干部处）

水资源管理处

水资源节约与保护处
建设与运行管理处
河湖管理处
水土保持处（农村水利水电处）
监督处
水旱灾害防御处
国际合作与科技处
机关党委
事业单位：
1.太湖流域管理局水文局（信息中心）（副局级）
2.太湖流域管理局水利发展研究中心（正处级）
3.太湖流域管理局综合事业发展中心（正处级）
4.太湖流域管理局苏州管理局（正处级）
5.太湖流域管理局苏州培训中心（正处级）
6.太湖流域管理局太湖流域水土保持监测中心站（正处级）