太湖研究院设理事会，理事会由13名理事组成，每届任期三年，可以连任。理事会设理事长1名，由太湖局负责人兼任；副理事长4名，由各单位负责人兼任；理事8名，由各单位分别选派。

理事会下设秘书处，设秘书长1名，副秘书长4名。秘书长由太湖局科技管理部门负责人兼任，副秘书长由各单位分别选派。

太湖研究院设学术委员会。学术委员会委员由理事会选聘，任期三年，可以连任。学术委员会设主任委员1名、执行副主任委员1名，另设副主任委员3名。主任委员与副主任委员由行业知名专家学者担任，其中执行副主任委员由水利部太湖流域管理局主要技术负责人兼任。现阶段学术委员会委员（含主任委员和副主任委员）总数不超过25名。