太湖流域因湖得名、因水而兴，自古以来一直是我国物产最富庶,航运最发达,经济最繁荣的地区，流域经济兴衰与水息息相关，经济发展始终贯穿着治水的主线。除水害、兴水利，为抵御洪涝灾害，古人进行了海塘、圩田、运河、堰、闸、埭等多种形式的水利设施建设，通过长期的流域治水的实践总结和经验概括，形成和发展了三江排水格局，洪旱兼顾、分片治理、高水高排、先治下后治上等流域治水思想，良好的地理条件和众多水利工程建设，造就了江南水乡的繁荣昌盛。

但历经多年战乱，在建国之初，太湖流域百废待兴，水利设施年久失修，水利基础极其薄弱，河湖水系有网无纲，缺乏行洪骨干通道，在防洪、挡潮、抗旱、除涝、灌溉、供水等各方面均不能满足流域经济社会发展的需要，水利需求和能力之间矛盾十分突出。1954年太湖流域发生的流域性洪水，在太湖流域造成80%圩区破圩，淹水历时长达80余天，工业直接损失占当年工业产值的1/4，灾害损失极其严重。

新中国成立以来，太湖流域充分继承并发展了古人治水思想，开展了大规模的水利建设，修建水库、疏浚河道、兴修堤防及海塘，特别是1991年太湖大水以后，国务院决定进一步治理太湖，组织两省一市实施了望虞河、太浦河、环湖大堤、杭嘉湖南排后续等十一项太湖流域综合治理骨干工程。十一项治太骨干工程的全面建成，新辟太湖南向杭州湾排水的新出路，奠定了太湖流域三向排水格局，初步形成了北向长江引排、东出黄浦江供排、南排杭州湾并且利用太湖调蓄的防洪与水资源调控工程体系，一举扭转了太湖流域河湖水系有网无纲的不利局面。这些工程在抗御1995年、1996年、1998年3次常遇洪水及1999年、2016年流域特大洪水中发挥了重要的防洪减灾作用，减灾直接经济效益达156亿元（不含2016年），为1999年前治太骨干工程资金投入的2.5倍。

随着流域经济社会不断发展，城镇化水平持续提升，太湖流域面临的防洪除涝能力与经济社会发展不匹配等老问题依旧存在，同时水资源短缺、水生态损害、水环境污染等新问题日逐突出，特别是2007年太湖蓝藻爆发引发的无锡市供水危机，是对太湖流域新形势下水安全问题的严重警示。党中央、国务院高度重视太湖流域水环境综合治理工作，2008年国务院批复《太湖流域水环境综合治理总体方案》。太湖流域各省市积极转变治水思路，以保障流域防洪安全、供水安全、水生态安全为核心，遵循《太湖流域综合规划》《太湖流域防洪规划》，以治太十一项骨干工程为基础，推动实施望虞河后续、吴淞江、扩大杭嘉湖南排等21项流域水环境综合治理骨干工程，促进完善“利用太湖调蓄、北向长江引排、东出黄浦江供排、南排杭州湾”的流域综合治理格局。

目前，21项流域水环境综合治理骨干工程建设进展顺利，其中11项已建成、7项在建，3项正在加紧开展前期工作，流域防洪减灾、水资源配置、水环境改善三位一体的综合治理工程布局逐步完善，太湖流域基本形成了“引得进、蓄得住、排得出、可调控”的综合治理工程体系。随着流域水环境保护理念日益增强、治理力度日益加大，太湖水质得到明显改善，富营养化趋势得到基本遏制，太湖及河网水环境质量显著提高。